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Text File  |  1995-03-04  |  1.7 KB  |  36 lines
  1. ****************************************************
  2. * Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat *
  3. ****************************************************
  4.  
  5. RNA polymerase II (EC 2.7.7.6) [1,2]  is   one of  the  three   forms  of  RNA
  6. polymerase that  exist  in eukaryotic nuclei.  The  C-terminal region  of  the
  7. largest subunit of this oligomeric  enzyme consists of the tandem repeat of  a
  8. conserved heptapeptide [3].  The number of  repeats  varies  according  to the
  9. species  (for example: 17 in Plasmodium, 26 in yeast, 44 in Drosophila, and 52
  10. in mammals). The region containing  these repeats is essential to the function
  11. of polymerase II. This  repeated heptapeptide  (called CT7n or CTD) is rich in
  12. hydroxyl groups. It probably projects out of the globular catalytic domain and
  13. may interact with the acidic  activator  domains of transcriptional regulatory
  14. proteins. It is also known to bind by intercalation to DNA.  RNA polymerase II
  15. is activated by phosphorylation. The serine and threonine residues in the CT7n
  16. repeats are the target of such phosphorylation.
  17.  
  18. -Consensus pattern: Y-[ST]-P-[ST]-S-P-[STANK]
  19. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  20. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  21.  
  22. -Note: the consensus for the heptapeptide repeat is Y-S-P-T-S-P-S, but we have
  23.  allowed variants in position 2, 4, and, 7 of the pattern so as to detect some
  24.  of the imperfect repeats.
  25. -Note: protozoan parasites such Trypanosoma and Crithidia  do  not have a CT7n
  26.  domain.
  27.  
  28. -Last update: December 1991 / Text revised.
  29.  
  30. [ 1] Woychik N.A., Young R.A.
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  33.      Annu. Rev. Biochem. 60:689-715(1991).
  34. [ 3] Corden J.L.
  35.      Trends Biochem. Sci. 15:383-387(1990).
  36.